原发性卵巢囊肿分类繁多，有几十种之多，来源于卵巢不同部分，共分4大类：
（1） 上皮性肿瘤，
是最多见的一种，如浆液性囊腺瘤（癌）、粘液性囊腺瘤（癌）。
（2） 生殖细胞肿瘤来源于生殖细胞。
常见良性畸胎瘤（又称皮样囊肿），内含皮脂、牙齿、骨骼等，因重心偏一侧，常有蒂扭转发生。
（3） 性腺间质细胞肿瘤，常见颗粒细胞瘤、卵泡膜细胞瘤，因有内分秘功能，又称功能性卵巢瘤。以上均有原发瘤即为恶性者。
（4） 非性腺间质细胞瘤，罕见，如血管瘤、淋巴管瘤。良性肿瘤多为囊性肿物，硬而有实质感者应多考虑系恶性卵巢瘤，后者长侵犯双侧卵巢。