（一）人工或混合喂养儿。
（二）具备上述临床表现中的一项或多项。
（三）实验室检查：血常规（白细胞增高，新生儿或早产儿可降低，中性粒细胞增多，可有血小板降低），便常规（可有红白血球，便潜血阳性），脑脊液检查（白细胞增加，蛋白增高，糖降低），血、脑脊液、便培养有阪崎肠杆菌生长。
（四）影像学检查：出现坏死性小肠结肠炎时，腹平片早期表现为部分肠管扩张、僵硬，充气不均匀，肠间隙增宽，典型表现为肠壁囊样积气；晚期可出现门静脉积气，渗出性腹膜炎，肠段固定扩张，肠穿孔时表现为气腹。有神经系统并发症时CT可表现为脑室扩大、脑水肿、硬膜下积液、脑脓肿等。
（五）确诊病例必须有病原学依据。