耳廓虽小，是全身经络汇聚之处，所谓“五脏六腑，十二经脉有络于耳者”。耳针的基本穴位有49个，基本耳穴示意图多以人体部位或脏器直接命名。在中医理论中，肥胖与内分泌、心脾病变有关，故耳针取穴多以内分泌、神门、脾为主穴，配以其它穴位。如有气喘多汗，加肺穴；心慌心悸，加心穴；易饥多食，加胃穴；下肢浮肿，加三焦穴；便秘，加大肠穴；小便不利，加尿道穴等。
一般每次选择1个主穴，1—2个配穴，留针5—7天交换另一组主、配穴，1—2个月为一疗程。多双耳同时换用穴位。亦可一组穴位单耳相互交替。因留置耳针给病人带来不少麻烦，且有感染的可能，现多采用在穴点上留置王不留行药粒(为麦蓝菜的种子，直径约1．5毫米的颗粒)，该药粒有行血通经的功用。留置王不留行为非穿刺性取穴，效果好，甚至患者可以目订更换穴位，方便易行。