大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。行走在内外括约肌附近，外口皮肤生长较快，常有假性愈性，引起反复发作。管道的感染多数为脓性感染，少数为结核性。
根据瘘口和瘘道的位置、深浅、高低以及数目，其分类有：
（一）外瘘和内瘘 外瘘至少有内外二个瘘口，一个在肛门周围皮肤上，多数距肛门2～3厘米，称为外口，另一个在肠腔内，多数在齿线处肛窦内，称为内口，少数内口在中齿线上方，直肠壁上。内瘘的内口与外瘘相同，并无伤口，临床所见90%为外瘘。
（二）低位瘘和高位瘘 瘘道位于肛管直肠环平面以下者为低位瘘，在此平面以上为高位瘘。后者对治疗方法的选择有关。
各种类型的肛瘘
（三）单纯性肛瘘和复杂性肛瘘 前者只有一个瘘管，后者可有多个瘘口和瘘管。
从临床治疗角度以肛瘘和括约肌的关系较重要，可分为：①括约肌间型——最常见一种，内口位于齿线，瘘管在内外括约肌间行走，外口在肛门周围皮肤；②经括约肌型——瘘管经外括约肌及坐骨肛管间隙而在肛周围皮肤上穿出；③括约肌上型——不常见。瘘管同上穿破肛提肌而在肛门周围远处皮肤上穿出；④括约肌外型——少见，内口在齿线上直肠壁，外口在肛周远处皮肤上，瘘管在内外括约肌外，经肛提肌而下。