包括内洽法和外治法。
(一)内治法
1．清热利湿：凡出现瘘管外口流粘稠脓，色白或黄，外口闭合，局部肿胀疼痛，小便不利，舌红、苔黄腻，脉滑数等症状，为湿热蕴结。治宜清热利湿。选方常用土医之家消痔栓。
2．清热解毒：凡出现肛瘘外口闭合，恶寒发热，局部红肿、灼热疼痛，舌红、苔黄，脉数等症状，为热毒蕴聚。治宜清热解毒。选方常用仙方活命饮加减。
3．养阴托毒：凡出现瘘管外口凹陷，周围颜色晦暗，脓水清稀，舌红少津，少苔或无苔，脉细数无力等症状，属阴虚型肛瘘。治宜养阴托毒。选方常用青蒿鳖甲汤加减。
4．补益气血：凡出现肛瘘经久不愈，肉芽不鲜，脓水不多，形体消瘦，面色无华，气短懒言，舌淡、苔白，脉细弱无力等症状，属气血亏虚型。治宜补益气血。选方常用十大补汤加减。
(二)外治法
1．外洗法：局部红肿疼痛时，可用苦参汤加减，煎水趁热熏洗，