肛瘘病主要表现为流脓，新生瘘管流脓较多，分泌物会刺激皮肤，从而造成瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合时，瘘管内出现脓液积存，局部肿胀疼痛发热。
由于引流不畅，脓肿反复发作，也可溃破出现多个外口。较大较高位的肛瘘，常有粪便或气体从外口排出。检查时外口常为一乳头状突起或是肉芽组织的隆起，挤压有少量脓液排出，多为单一外口，在肛门附近。
也有多个外口，外口之间皮下瘘管相通，皮肤发硬并萎缩。也有多个外口位于两侧，瘘管成“马蹄形”，直肠指诊在病变区可触及硬结或条索状物，有触痛，随索状物向上探索，有时可扪及内口。若外口不整齐，不隆起，有潜行边缘，肉芽灰白色或有干酪样稀薄分泌物，应怀疑为结核性肛瘘。
肛瘘内口是原发病灶部位，定位不清必然造成治疗上失败，因为切除或切开内口是治愈肛瘘的关键。
肛痿的形成初期是以脓肿、炎症为主。炎症消退，痿道逐渐形成，局部症状逐渐减轻，但复杂性肛痿或有急性感染时，局部有明显的炎症反应及全身的症状。
1、 流脓
是肛痿主要症状,当痿道形成后,流脓逐渐减少,一旦流脓停止,局部又出现肿胀、疼痛等炎性反应,如此反复发作,呈周期性变化。
2、 疼痛
肛痿感染或流脓排出不畅而脓胀发炎,则引起疼痛。若痿道通畅,无急性炎症时,则疼痛不著,仅有局部坠涨不适。
3、 瘙痒
因从痿道经常流出脓液,刺激肛门周围皮肤而引起肛周炎及瘘道外口组织增生、湿润、瘙痒。
4、 粪便排出不爽
复杂性肛痿、炎症侵及肛门括约肌及肛管直肠环造成纤维化、影响肛门括约肌收缩及扩张,可造成直肠环狭窄、粪便排出不爽。
肛瘘病主要表现为流脓，肛门瘘管疼痛，瘙痒，排便不适等症状。患者若有以上症状应该警惕肛瘘病。