非淋菌性尿道炎症状较轻，极易被忽略，治疗时易出现久治不愈的现象，究竟是什么原因导致非淋菌性尿道炎难以治愈呢？
大量耐药菌的产生，使难治性非淋菌性尿道炎、支原体、衣原体感染及并发症的患者越来越多，临床上很多患者第一次用抗生素就无效。就这个问题进行深入的调查研究发现了其中的原因。如感染上了支、衣原体病菌，病菌在他(她)身上已经产生了高度耐药性。如果这个人再把病菌传给另一个人，这个人同样对抗生素也是高度耐药。这就是一开始用抗生素来治疗无效的根本原因，也是非淋病人数增多的重要原因。
特别是引起并发症后，如男性引起前列腺炎、附睾炎、女性引起子宫内膜炎、输卵管炎等并发症后，再用抗生素治疗效果更差。但是无论大医院、小医院只要有这样的患者就诊，医生明知再用抗生素也治不愈，但照样使用大量的抗生素，这可以说这是极大的浪费和不负责任。
还有不少患者已经用过各种抗生素治疗过，但尿道痒疼不适、会阴肛门坠胀疼、小腹胀疼等症状明显存在，但化验结果是阴性。有些医生及患者本人凭化验结果是阴性就断定非淋病治好了。实际上这样断定是不科学的，也是不合理的。化验不是 100% 的准确，也不是 100% 的科学，特别是对慢性病，化验结果根本说明不了什么问题。这是一般医生都知道的。就是患者本人只要冷静客观的想一想也应该明白。就这个问题我们进行了深入的研究，结果表明：不是没有病菌存在，只是目前的检测水平低，检测不出罢了。
另一原因是大量使用抗生素病菌会呈假阴性。再则病菌潜伏在前列腺深处，前列腺有成千上万个腺泡。至于病菌潜伏在哪些腺泡体内，目前的检测水平根本办不到。因此对慢性非淋病是否治愈不能以化验结果来定论。还应以明显的症状来确定。这才是科学的合理的。中医辩病治病就是以症状为准。没有症状，也就失去了治疗价值。
非淋菌性尿道炎是种顽固疾病，造成它久治不愈的原因主要是以上几种，因此患者在治疗该病的时候一定要将全身症状仔细向医生将清楚，比较好是找中医专科医生为你分析病症，对症治疗。