慈菇富含淀粉、蛋白质、维生素及微量元素等多种营养成分，具有消炎解毒、生津润肺、补中益气的作用。但慈菇属于水生蔬菜，对铅等重金属具有较强的吸收、积累能力。
目前，铅已是环境中的重点污染物之一，随着工业的快速发展及“三废”物质的大量排放，水体中的铅等重金属含量越来越高。如人们食用加工粗糙的慈菇，就可能会导致慢性中毒，对健康产生较大的危害。有研究发现，随着水体、土壤中铅浓度的增加，慈菇各部位铅含量呈上升趋势，铅残留量以慈菇球茎表皮最高，顶芽次之，去皮球茎最少。当土壤和水中的铅浓度达到每升50毫克时，慈菇顶芽的铅残留量为每公斤0.22～0.25毫克，表皮的为0.29～0.37毫克，均超过每公斤0.2毫克铅这一无公害蔬菜产品国家标准限量值。
如果将慈菇球茎表皮去除后，铅残留量为每公斤0.11～0.12毫克，低于国家标准，这时食用，相对安全。
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慈菇球茎在土壤中成长，表皮直接接触土壤中的铅而导致吸收和积累较多，从而使得慈菇球茎表皮的铅积累量最高。为保证慈菇食用安全，加工时首先不要怕麻烦，认真去除表皮，其次不要怕浪费，要把顶芽掐掉。