在化学治疗药物中，寄生虫病的治疗药物发展最早。远在2000多年前，我国的第一部本草《神农本草经》共列了30多种驱虫药物。已有世界上最早的抗疟药常山治疟与楝实、雷丸、贯众杀三虫的记载。到唐代《千金方》中已列杀寸白虫药方11首。百年后在《外台秘要》中收集可治疗寸白虫的药方达19首，其中常被采用的为芜荑、茱萸、石榴根、狼牙、槟榔、南瓜子、榧子等驱虫药物，这些药物中，如石榴根、槟榔、南瓜子和雷丸等至今仍在应用。17世纪30年代，发生了疟疾史上最重要的事件之一：西班牙人在秘鲁发现金鸡钠(cinchona)树皮能治疗疟疾。此后2－3百年间，世界各地都使用金鸡钠。1820年药学家分离出金鸡钠树皮的主要生物碱-奎宁(quinine)。之后2个多世纪奎宁在治疗和预防疟疾中起到了重要作用。直至1944年才有化学合成的奎宁问世。德国人经过反复研究合成了扑疟喹啉（plasmochin 1925），开辟了疟疾化学治疗的新纪元。隔了十多年又先后找到了阿的平(mapacrine)和氯喹（chloroquine）。后来又合成了伯氨喹啉(primaquine)。临床上的大量应用，证明氯喹和伯氨喹啉具有相当的优越性。在1949年又增加了一种疟疾预防药物，即乙胺嘧啶(pyrimethamine)。
在发现染料类物质具有治疗作用后，砷化合物被用于控制锥虫病、丝虫病和阿米巴病。此后非砷类一些重金属化合物如锑剂、锡、锌等用于治疗黑热病、血吸虫病和丝虫病等。但因这些药物毒性较大而渐被淘汰。随着现代医学的发展，新技术和方法的应用，使抗寄生虫病药物不断更新换代，逐渐转向化学合成药物的研究方向。近十年来，已研制出一些高效、低毒的抗寄生虫药物，取得可喜的成效．如国内研制的青蒿素(artemisinin)及其衍生物和磷酸咯萘啶(pyronaridine)治疗耐氯喹恶性疟疾；国外研制的甲氟喹(mefloquine)具有长效抗疟原虫的特点；吡喹酮(praziquantel)已作为广谱杀吸虫、绦虫药物；苯并咪唑类药物如阿苯达唑(albendazole)、甲苯达唑(menbendazole)为高效、安全的抗肠道蠕虫的药物，前者对旋毛虫病、囊虫病、包虫病也有一定疗效。另外，伊维菌素(ivermectin)具有高效、低毒、抗虫谱广等特点；是继苯并咪唑类抗蠕虫药后的另一种具有开发前景的药物。
虽然在发展抗寄生虫病药物方面已取得了一些成果，但与治疗其它疾病的药物相比，抗寄生虫药物尚属有限。并且治疗寄生虫感染的大多数化学药物为杂环化合物，尽管有驱虫作用，但也有一定的毒性；某些寄生虫特定的寄生部位（如棘球蚴、囊尾蚴等）影响药物的作用效果。另外，在现有的这些药物中，有的口服效果差，需静脉给药；有的毒性大以及幼虫对药物的敏感性差和存在抗药性问题等。治疗蠕虫感染的药物只有少数几种化合物，而抗性的发展和传播已降低了多数常用药的价值并减少治疗的选择。发现和开发新药已成为战略的必需。因此迫切需要发展高效、低毒、广谱的抗寄生虫病药物。
对化疗药物抗虫机制的研究也有一些新进展，如免疫依赖性、抗性逆转等。这些发现给化疗研究提供了新的思路。例如，对抗药性问题，除了研究新药或联合用药这些传统途径外，还可研究如何逆转寄生虫的抗药性，使之恢复对原已不敏感药物的敏感性。这在疟疾方面已有研究报道。又如，研究化疗的免疫协同作用和免疫依赖作用，有可能借助和利用免疫机制（如细胞因子、抗体等）改善宿主的免疫状况，使增强对某些寄生虫感染的化疗效果。