化脓性颌骨骨髓炎最多由牙槽脓肿、牙周炎、第三磨牙冠周炎等牙源性感染而来；其次因粉碎性骨折或火气伤等开放性损伤引起骨创感染；由败血症或脓毒血症经血循环感染，多发生于婴幼儿的上颌骨；极少数有颜面皮肤或口腔黏膜的感染直接波及颌骨。病原菌主要为金黄色葡萄球菌，其次为链球菌，少数为其他化脓菌，陈见为混合性感染。
下颌骨骨髓炎较上颌骨骨髓炎更为常见，病情也比上颌骨骨髓严重，这是因为上颌骨骨质致密，周围有的筋膜和强大的肌，当下颌骨感染后，脓液不遗穿破引流；下颌骨血运较差，感染的血管栓塞后，易形成大块死骨。
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