一旦确诊为新生儿沙眼衣原体结膜炎，必须予以正规治疗。治疗原则是将局部用药和全身用药结合起来，以缩短病程，减少并发症和避免转为重症和慢性病，防止留有后遗症。
应当充分认识新生儿沙眼衣原体结膜炎的发生大多源于孕妇，即孕妇感染沙眼衣原体后引起宫颈炎或子宫内膜炎，由此就有可能在新生儿娩出过程中使新生儿受到接触感染而致病。国外有关资料表明，孕妇患沙眼衣原体宫颈炎，其分娩的新生儿大约有23%—70%感染率，其中约18%—50%可引起新生儿沙眼衣原体结膜炎。所以、预防新生儿沙眼衣原体结膜炎的主要措施就是积极防治孕妇沙眼衣原体感染。
沙眼衣原体是一种与性传播有关的病原体，多数通过不洁性交传播，少数是由于接触了被污染的衣物、器具和水源而受到传染。因此，对于育龄妇女来说，必须加强自我保护，重视性卫生和性安全环节，避免任何形式的不洁性交行为，避免接触那些受到污染的物品。
新生儿无论是眼睛还是其他器官抵抗力都非常弱小，治疗新生儿结膜炎较复杂，需要注意的地方较多，因此预防新生儿患结膜炎非常重要。