最常见的是发热及流感样综合征，患者体重减轻、脱发、情绪激动，骨髓抑制致血细胞、血小板减少，轻度贫血，偶可发生神经系统损伤，影响内分泌系统功能，亦有产生干扰素抗体者。其副作用及处理方法列述于下：
1）流感样综合征：患者发热、寒战、全身不适，肌痛、头痛等，有时还可出现鼻塞、流涕、头晕、尿急等，而以发热最为常见。不论应用途径及剂量大小，患者均可有发热，一般在第一次注射后2-6小时发生，体温可升至38-40℃，6-12小时达到高峰，但24小时内均能自然消退。若发热不高，可不必特殊处理，36度者多喝开水，卧床休息，但若发热较高甚或高烧者，则应给予物理降温；亦可给布洛芬0.2克口服，消炎痛栓0.5-1枚直肠给药，体温便会很快下降。
2）造血系统改变：抑制骨髓，降低外周血白细胞及血小板，白细胞减少通常发生于用药后数小时至数日。用药第一周，白细胞减少至40％-60％，而后趋于稳定。停药或间歇5天以上用药，白细胞可迅速恢复。主要是干扰素能可逆性地阻断白细胞从骨髓释放的缘故。长期应用可导致血色素性贫血，引起免疫介导的溶血性贫血和血小板减少，但极少见。通常可口服养血饮、复方阿胶浆等来纠正，亦可服利血生、鲨肝醇及氨肽家等药以升高白细胞及血小板。
3）消化系统反应：如食欲不振、味觉异常、恶心、呕吐、泄泻、腹胀等。药量越大，症状越频繁，但一般不需治疗，较重者可对症处理。严重者应考虑减量或停药。
4）皮肤反应：用药超过4个月者的最常见副作用是轻、中度脱发，偶有停药后更严重者。斑丘疹多发生于躯干和四肢，但多为暂时性的；还有发生潜在特异性反应，表现为弥漫性红斑及荨麻疹等。 轻度皮疹多呈自限性，不必处理；严重者应考虑停药或减量，并给抗过敏治疗。
5）肾脏损害：最常见者为轻度蛋白尿，少有＞0.1克／日，亦不伴有血浆蛋白的减少。其他肾脏损害虽有报道但极少见。通常无需特殊处理，嘱患者多喝开水即可。
6）对内分泌系统的影响：11-羟皮质类固醇增加，雌激素水平下降，高密度脂蛋白降低，出现糖尿，偶见高血钾、低血钙等症，还能提高血浆甘油三酯含量，但对胆固醇无影响。
7）抗干扰素抗体的产生：部分患者治疗初期甚至未应用干扰素时即出现抗干扰素抗体，影响治疗效果。估计与个体差异有关，而与应用剂量、给药途径、时间长短及患者年龄无明显关系。
此外，尚可出现嗜睡、精神错乱、周围神经感觉异常等神经、精神症状，以及对心血管、骨髓系统的影响和对生长的抑制等等，但极少发生。
注意：干扰素的副作用的处理应该在医生指导下，必要时用药物纠正，严重时，应该停用或减量，待恢复后再使用，如果无法副作用严重，并无法纠正，应考虑改用其它抗病毒药物，如拉米夫定。