1.应熟悉选用药物抗病原微生物的活性、药动学、适应证和不良反应。
2.要及早确立病原学的诊断。确立正确的病原为合理选用抗感染药的先决条件。有些病原采用常规方法不易分离者亦应尽量选用其他辅助诊断技术，包括各种免疫学试验。分离和鉴定病原菌后应尽可能作细菌的药物敏感度（药敏）测定，必要时并进行联合药敏试验，供选用药物参考，这在处理严重全身性感染时尤为重要。
3.应按患者的生理、病理、免疫等状态而合理用药。新生儿体内酶系发育不全、血浆蛋白结合药物的能力较弱、肾小球滤过率较低，老年人的血浆蛋白大多减少、肾功能也减退，应用常规剂量后血药浓度和半衰期常有增高和延长，故用量以偏小为宜，有条件时宜定期监测血药峰、谷浓度。
4.预防或局部应用抗感染药要严加控制或尽量避免，应当用于少数有明确指征者；如用于预防昏迷、休克等患者并发感染，或清洁手术预防术后感染则往往徒劳无益。
应尽量避免皮肤、粘膜等局部应用抗感染药，因易引起过敏反应，也易导致耐药菌产生。故除主要供局部应用的药物如新霉素、杆菌肽、莫匹罗星、磺胺米隆等外，其他主要用于治疗全身感染的药物，特别是青霉素类的局部应用要尽量避免。
5.联合应用抗感染药需有明确的指征。临床多数感染用一种抗感染药即可控制，联合用药徒然增加不良反应和治疗费用。
6.应选用适宜的给药方案、剂量和疗程。静脉给药不宜用于轻、中度感染。宜按药动学参数制订给药方案。剂量过大或过小均不相宜，过小起不了治疗作用，反可促使细菌产生耐药性；剂量过大的突出例子是青霉素类，不仅浪费严重，且易诱发中枢神经系毒性反应及电解质平衡失调等不良反应。
抗感染药通常应持续应用至体温正常、症状消退后72～96小时，但败血症、感染性心内膜炎、骨髓炎、化脓性脑膜炎、伤寒、布氏杆菌病、结核病等不在此例。如用药后效果不著，急性感染在48～72小时内应考虑改药或调整剂量。